Nel 1779 lord Richard Howe creò un sistema codificato di segnali tra imbarcazioni per la flotta britannica, che utilizzava bandiere issate per trasmettere il messaggio di nave in nave, denominandolo Telegraphic Signals of Marine Vocabulary («Vocabolario di segnali telegrafici della Marina»). Si trattava di un «codice numerico», che assegnava le cifre da 0 a 9 a dieci bandiere di segnalazione. Queste bandiere in combinazione tra loro rappresentavano codici numerici ai quali erano assegnati significati mediante un libro di codici, distribuito a tutte le navi della Royal Navy e appesantito con il piombo per essere gettato fuori bordo in caso di cattura. Nel 1803 Riggs Popham apportò alcune modificazioni e miglioramenti decisivi al sistema di Howe, anche perché nel frattempo i 
Francesi avevano catturato una nave della Marina britannica e si erano impadroniti di una copia del libro dei codici in uso fino ad allora. Cinquanta esemplari della nuova versione dei codici furono in seguito segretamente inviati alla flotta britannica dell'ammiraglio Nelson a Cadice nel settembre del 1805. Nel 1813 il dizionario di Popham si ampliò a 6.000 frasi e 30.000 parole. Nel 1820 Popham incorporò al sistema una bandiera per ogni lettera dell'alfabeto latino.
Il 20 ottobre 1805 la flotta congiunta comandata dall'ammiraglio Pierre de Villeneuve salpò da Cadice diretta a Cartagena inseguita dalle fregate inglesi che tenevano informato Nelson. La manovra fu lenta e imprecisa a causa della fitta nebbia e del vento contrario che la squadra dovette affrontare al largo di Capo Trafalgar. Alle 6:20 del 21 ottobre 1805 Villeneuve ordinò che la flotta si disponesse in linea di combattimento. Nel medesimo frangente Nelson operò un cambio di strategia, ovvero invece di attaccare con una formazione divisa in tre colonne come precedentemente ipotizzato, scelse di disporre le navi inglesi su due colonne, una comandata dal suo vice, il vice-ammiraglio Collingwood, a bordo del Royal Sovereign, l'altra dalla Victory, comandata da egli stesso. La manovra, il cosiddetto Tocco di Nelson, fu l'idea geniale dell'ammiraglio inglese: il principale svantaggio stava nell'estrema vulnerabilità delle navi ammiraglie e di quelle a seguire, perché sottoposte al fuoco incrociato di tutta la flotta nemica; però il vantaggio era nella possibilità di ogni nave di sparare con tutti i pezzi, al contrario dei franco-spagnoli, costretti a utilizzare un solo fianco.
Alle 11.30 iniziò la vera e propria battaglia, Nelson fece issare il famoso segnale: "L'Inghilterra si aspetta che ogni uomo faccia il suo dovere". A mezzogiorno circa i cannoni della Fougueux aprirono il fuoco incrociato delle navi francesi e spagnole contro le navi in testa alle due colonne Inglesi. Nonostante il fitto cannoneggiamento, la Victory e la Royal Sovereign riuscirono ad avanzare e ad incunearsi negli intervalli della lunga fila. Lo scontro proseguì per oltre cinque ore. Alle 13.30 circa Nelson fu ferito sul ponte della Victory, colpito da un tiratore scelto francese che gli perforò un polmone; morì dopo due ore, ma la sua insegna non venne ammainata per tutta la durata della battaglia, per non demoralizzare i marinai inglesi. Poco dopo le 14.00 l'ammiraglia francese Bucentaure, semidistrutta e con a bordo l'ammiraglio Villeneuve e tutto il suo stato maggiore, si arrese agli inglesi.
I franco-spagnoli persero complessivamente 19 navi e i francesi contarono 3.373 morti e 1.155 feriti, gli spagnoli circa 3.000 tra morti e feriti (compreso l'ammiraglio Gravina, che morì qualche tempo dopo). Le navi britanniche subirono danni gravi, compresa la Victory, ma nessuna andò perduta; i morti inglesi furono 449 compreso l'ammiraglio Nelson, i feriti 1.246. La vittoria britannica di Trafalgar chiuse definitivamente il secolare duello anglo-francese per il controllo degli oceani: Napoleone fu costretto a rinunciare all'idea di invadere la Gran Bretagna, che diventò la padrona assoluta dei mari fino alla prima guerra mondiale. L'ammiraglio Nelson fu celebrato dagli Inglesi come un eroe nazionale, venne sepolto nella cattedrale di St Paul a Londra e la sua statua in bronzo venne eretta su di una colonna al centro di Trafalgar Square. L'ammiraglio Villeneuve, liberato alla fine della guerra della terza coalizione, si suicidò per non dover affrontare l'ira di Napoleone.
